A Igreja em Nauvoo, Illinois
Os Mórmons escolheram a sua nova sede nas margens do Mississipi, no Condado de Hancock, Commerce, Illinois. Joseph Smith renomeou a cidade com o nome de Nauvoo e assim começa o capítulo Nauvoo da história Mórmon. Os Mórmons transformaram um verdadeiro pântano em uma cidade industriosa. Por um tempo, Nauvoo era a maior cidade do estado de Illinois. Os conversos da Igreja Mórmon estavam imigrando do leste dos Estados Unidos, Canadá e Europa para Nauvoo. Em 1840, exatamente dez anos após a organização da Igreja, o número de membros era de 16.000. No outono eles começaram a construir outro templo Mórmon. Durante todo esse progresso, os inimigos dos Mórmons continuaram a persegui-los. O Missouri tentou extraditar Joseph Smith e alguns Mórmons apostatas escreveram cartas o condenando. Nessa época a doutrina da poligamia se tornou mais conhecida. Alguns poucos começaram a praticar a poligamia em segredo para evitar grandes perseguições. Esse assunto é um dos mais controversos na história Mórmon. Muitos membros que se recusaram a aceitar tal doutrina deixaram a Igreja e começaram a persegui-la. Os rumores de estranhas práticas sexuais entre os Mórmons apenas intensificou o ódio contra os Mórmons e Joseph Smith.
Em junho de 1844 um ex-Mórmon publicou a única edição do Nauvoo Expositor. Ele atacou Joseph Smith com a poligamia e muitos outros pontos e pediu que ele fosse enforcado. Joseph Smith, prefeito de Nauvoo, e o conselho da cidade decidiram que Nauvoo Expositor possuía uma ameaça eminente à segurança de Nauvoo e ordenou que o jornal fosse destruído. O xerife do condado procurou Joseph Smith sobe acusação de incitar uma revolta e Joseph Smith se rendeu com um pedido do Governador Ford. No dia 27 de junho de 1844 uma turma invadiu a prisão onde Joseph e alguns outros membros estavam presos e mataram Joseph Smith e seu irmão Hyrum Smith. Os inimigos dos Mórmons pensaram que a religião acabaria depois da morte de Joseph Smith e o povo voltaria para o lugar de onde vieram, mas Brigham Young assumiu a liderança dos Mórmons juntamente com os outros doze apóstolos e eles ficaram. A perseguição contra os Mórmons foi retomada e a escritura de Nauvoo foi revogada em janeiro de 1845. Os líderes estavam falando sobre mudar para as Montanhas Rochosas antes da morte de Joseph Smith. Brigham Young preparou os Mórmons para se mudar para o oeste e assim determinarem o seu próprio território. Em fevereiro de 1846 a primeira companhia dos pioneiros Mórmons cruzou o Rio Mississipi.